هنگام ترکیب پروبیوتیک ها در ماتریس های غذایی، 9 چالش وجود دارد که باید روی آنها تمرکز کرد. آنها عبارتند از: 1. انتخاب سویه، 2. تولید سویه، 3. نحوه تلقیح مواد غذایی، 4. نحوه اطمینان از بقا در طول فرآوری، 5. نحوه جلوگیری از از دست دادن زنده ماندن در طول ذخیره سازی، 6. نحوه محاسبه [پروبیوتیک ها] تعداد کلنی ها ، 7. تأثیر بر خواص حسی غذا، 8. [حفظ محصول] پایداری در خانه مصرف کنندگان، 9. و نقش آفرینی در دستگاه گوارش.
به طور خاص، در آب میوه ها، اسیدهای آلی اغلب pH محصول را به زیر 4 می آورند که از بقای پروبیوتیک ها جلوگیری می کند. در انتخاب، آن دسته از پروبیوتیک هایی که pH پایین را تحمل می کنند، باید در نظر گرفته شوند، مانند لاکتوباسیلوس نسبت به بیفیدوباکتریوم.